『第九』のMRI映像のサーバーに何者かが侵入しようとした痕跡が見つかる。使われたパスワードは第九のMRI技術の開発者で連続殺人犯だった貝沼清孝（國村隼）が生きていた頃の古いものだった。さらに、それを知った薪剛（板垣李光人）が乗ろうとした車が爆発。車に爆弾が仕掛けられていた。青木一行（中島裕翔）や岡部靖文（高橋努）は、『第九』創設以来、様々な重要機密を見てきた薪だけが知る“秘密”の情報を何者かが狙っているのではと考える。一方、薪は、犯人が敢えて古いパスワードを使用したり、見つかるような爆弾を仕掛けていることから、ある人物に思い当たり、その人物に会いに病院へと向かう。

薪だけが機密情報を知っている故に狙われると考えた青木は、最重要機密となるレベル5のデータを第九の皆で共有するべきだと進言する。しかし、薪は厳しい口調で、それを知ったことで自分の大切な人々にも危害が及ぶ可能性を考えたことがあるのか、三好雪子（門脇麦）に危害が及ぶ可能性を考えたことがあるのかと、青木の提案を一蹴する。

数日後、青木の母（神野三鈴）と姉（佐津川愛美）夫婦との食事会を終えた雪子は、自分が誰かに見張られていることに気づく。その頃、第九にいる薪のもとには、思いも寄らない人物が現れ…。