ある私鉄沿線で、立て続けに3人の男女が何者かに殺害され、連続殺人事件の可能性があることから『第九』で捜査をすることに。被害者3人は、通勤・通学で同じ私鉄を利用しており、その私鉄で1週間前に刺殺事件が起きていたことがわかる。満員の通勤電車の車内で、薬剤師の里中恭子（中村ゆりか）が刺殺された事件で、今なお、犯人が捕まるどころか目撃者も現れず、捜査は難航していた。薪剛（板垣李光人）が2つの事件の関連性を疑い始めた矢先、もう1人、新たな被害者が出てしまう。

4人目の被害者の脳のMRI映像を見た青木一行（中島裕翔）たちは、4人全員が、恭子が刺殺された車両に乗り合わせていたことを確認する。MRI映像によると、恭子はサラリーマンと何やらもめている様子だったが、あるときから乗客たちは皆、なぜか下を向いてしまい恭子の方を全く見ない。次に映し出されたのは刺されて倒れている恭子と、傍らにいる別の若い男の姿。刺される瞬間が映っていないため、恭子を刺した犯人が誰なのか、特定することはできなかった。

青木は、被害者たちが刺殺事件の後、体のある場所に異変を感じていたことに気づく。遺体を解剖した三好雪子（門脇麦）に特異な所見がなかったか尋ねるが、見落としを疑われた雪子は不快感を露わに。すると今度は、恭子と車内でもめていたサラリーマンの男が遺体で発見され…。