薪剛（板垣李光人）が尊敬する脳科学者・貝沼清孝（國村隼）が自ら命を絶った。病気を苦にしての自殺だったことから、貝沼の異変に気づけなかったことを悔やむ薪。「脳を『第九』のために役立ててほしい」という遺言のとおり、鈴木克洋（中島裕翔）が貝沼の脳をMRIで見ることを約束する。

ところが数日後、MRI捜査室へ向かった薪の耳に、突然、発砲音が響きわたる。薪が駆けつけると、そこには鈴木ら捜査員たちが倒れ、モニターには貝沼の恐ろしい秘密が映し出されていた。貝沼のMRI映像を確認し始める薪。一方、鈴木が入院しているはずの病院にかけつけた三好雪子（門脇麦）は…。

それから1ヶ月後、コンビニエンスストアで従業員の小島郁子（池脇千鶴）が同僚を刺殺する事件が発生。現場検証に向かった捜査一課の岡部靖文（高橋努）は、突如、第九への異動を命じられる。脳をスキャンしてのぞき見る第九の「MRI捜査」をバカにしていた岡部だったが…。