薪剛（板垣李光人）が鈴木克洋（中島裕翔）を射殺し、28人連続殺人事件の犯人である貝沼清孝（國村隼）の脳を見てから3年後、『第九』に1人の新人捜査員が配属される。その男は薪に憧れて『第九』へやってきたというが、現れた男の顔を見た薪は絶句。新人の青木一行（中島裕翔）は、死んだ鈴木にそっくりだった。

そんななか、9人の少年が同じ日に別の場所で自殺する事件が起き、全員が未成年で、しかも同じ少年院にいたことから、『第九』がMRI捜査することになる。早速、駅ビルの屋上から飛び降りた少年の脳を見た青木は、あまりに鮮明な映像に驚きながらも、その少年が別の少年に追われてビルから飛び降りる様子を目の当たりにし、「自殺じゃない！」と声を荒げ、追手の少年をすぐに捕まえるよう薪を促す。しかし、映像を見てあることに気づいた薪や岡部靖文（高橋努）ら『第九』のメンバーは、誰一人として動こうとはせず、薪は、「見たものや聞いたものを“そのまま”信じて受け止めてしまう単純な人間に、『第九』は務まらない」と厳しく言い放つ。

それでも何とか『第九』に留まりたい青木は、岡部にアドバイスを受けながら残りの少年たちの脳を見ていくが、薪が懸念したとおり、脳に刻まれた狂気に徐々にさいなまれていく。やがて、少年たちが自殺した当日、全員が、あるニュース映像を見ていたことが分かり…。