第九に復帰した瀧本幹生（眞島秀和）から精神的に追い詰められた薪剛（板垣李光人）は、『第九』からレベル5のデータを無断で持ち出した。警察から薪に対し発砲許可がおりたことで、薪に命の危険が迫っていると察した青木一行（中島裕翔）は、岡部靖文（高橋努）の制止を振り払い、かつて薪が鈴木克洋（中島裕翔／二役）と三好雪子（門脇麦）と3人で訪れたある場所へと急ぐ。薪には、ある思惑があった。青木の姉夫婦が殺されたのは自分が原因だと知った薪は、苦しんでいる青木のため、岡部との連絡も絶ち、1人で犯人と対峙するためある場所へ向かう。しかし、いまやSATが出動する事態となり、このままでは事件が解決する前に薪が射殺されると考えた岡部は薪を救うため、青木に「おまえがあの人を止めるんだ！」と命じる。その頃、とある施設にたどり着いた薪は、レベル5のデータをエサに跡をつけてきた人物と対峙していて…。

薪だけが知る秘密とは何なのか！？秘密を狙う者とはいったい誰なのか？そして、青木は薪を救うことができるのか？
薪だけが知る秘密、それが明かされるとき、もう一つの葬られていた新たな“真実”が明らかになる―！