千堂外務大臣（生瀬勝久）の一人娘・咲が誘拐された。警察は被疑者と思われる吉田さなえ（千葉雅子）の自宅に踏み込むが、さなえはその場で死亡。事件は最悪の展開を迎え、『第九』がさなえの脳をスキャンして咲の居場所特定を試みることになる。

MRI映像には、さなえが港のコンテナの中で横たわる、咲とみられる女子高生に、わずかばかりの水と食料を与える様子が映っていた。しかしコンテナはすでに、日本と国交のない中東の国の貨物船に載せられて出港していた。救出のチャンスは船が日本の領海内にいる間だけとあって、薪剛（板垣李光人）や青木一行（中島裕翔）の顔には焦りの表情が浮かぶ。

そんな中、さなえと千堂の接点も明らかに。20年前、国際医療支援のスタッフだったさなえの娘は、集団拉致事件に巻き込まれ、遺体が見つからないまま死亡と断定されていた。その際、中東アフリカ局長として当該国との交渉にあたったのが、千堂だったのだ。20年前の復讐（ふくしゅう）だと知った千堂は逆恨みだと激怒。『第九』の捜査にも業を煮やし、自らの立場を利用して国の機関を動かそうとするが…。

一方、MRI映像に拉致の瞬間が映っていなかったことから、薪は共犯者の存在を確信し、その矢先、さなえの元夫・淡路真人（伊武雅刀）が消息不明だと分かる。すると、薪の脳裏にはある可能性が浮かび上がり…。