果てしなく広がる大海原を、一艘の漁船が行く。乗船している数名はなぜか押し黙り、皆ひたすら目的地に着くのを待っている。
　その中に一人、慣れない船旅！？に酔って顔面蒼白な男がいる。と、その様子に気づいた同じように船酔いに苦しんでいた剛洋（富岡涼）という少年が、指をクロスさせ「酔わないおまじないだよ」と励ましてくれた。おかげでちょっぴり元気を取り戻して笑顔を返してくれた男に剛洋が、「名前は？」と尋ねる。
「五島健助…」気分はすぐれないながらも何とか答える男。
　しかし、その答えは波とエンジン音にかき消され…「…コトウ」少年の耳にはそう聞こえた。
　４時間後、先生こと五島健助（吉岡秀隆）はようやく目的地である志木那島に到着した。医師として、医者不在だったこの村へ自ら志願してやってきた。同行してくれた役場の民生課課長・星野正一（小林薫）は、ずっと医師招聘に奔走していた男で、今回の健助の着任を心底喜んだ。だが、漁船の主である原剛利（時任三郎）や村人の間には、着いてもすぐに居なくなると医者を当てにしない者が多いのも事実だった。
　到着早々、健助は一軒の家に連れてこられた。そこにはすでに息を引き取った老人がいて、死亡診断書を書いて欲しいと頼まれる。診断書がなければ葬式を出せなく、本土まで６時間かけて遺体を運ばなければならないのだ。とその時、「がっかりした？こんな所へ連れてこられて」気持ちを見透かしたように言ってくる者がいた。星野の娘であり診療所の看護師である彩佳（柴咲コウ）だ。健助を待ち受けていたのは医療器具もほとんどないさびれた診療所。迎えてくれたのは事務員の和田一範（筧利夫）だけだった。
　それでも健助は、できうる限りの準備をして患者がくるのを待った。
　だが、この村に来るのに、船酔いした上に車の免許も持たない健助は、村の長老・内つる子（千石規子）や漁師の安藤重雄（泉谷しげる）の目には、情けない若僧程度にしか映っていないようだった。
　そんなある日、原の一人息子である剛洋が西山茉莉子（大塚寧々）の店に担ぎ込まれる。健助は急性虫垂炎と診断、腹膜炎も併発しており、一刻も早く手術に取りかかる必要があると判断した。しかし、そこに駆け込んできた父親の原は、本土の病院に連れていくと健助の執刀を拒否、剛洋を船に乗せ出港しようとする。だが、このまま行かせては手遅れになると考えた健助は、彩佳と和田とともに原の漁船に飛び乗った。