東凛大学の解剖室に、胸部をナイフで刺され死亡した成瀬喧一（ダンカン）の遺体が運び込まれる。成瀬を刺したのは坂田潔美（近野成美）という女子高生で、ナイフを持って襲い掛かってきた成瀬ともみ合ううちに刺してしまったと正当防衛を主張。彼女の体にもみ合ったときにできたと思われる傷があること、さらに、成瀬が強制わいせつ事件で逮捕されたことがあることからも、潔美の主張は正しいと思われる。
　ところがその後、加地大己（瑛太）、石末亮介（生田斗真）、久保秋佳奈子（石原さとみ）、桐畑哲平（遠藤雄弥）、羽井彰（佐藤智仁）らゼミ生は、夏井川玲子（矢田亜希子）から佐川文彦（時任三郎）が潔美の正当防衛に疑問を呈し、警察にもその方向で捜査を進めたほうがいいと助言したと聞き驚く。潔美は大学の理事長の親戚であったため、佐川の判断を知った理事長は激怒。他大学に再解剖の依頼を出す。大学内では、その鑑定結果次第で佐川の進退問題に発展するのではないか、との噂が流れる。なぜ、佐川は正当防衛を否定したのか——自分の立場を脅かしてまで疑問を呈する佐川の真意を知るため、大己らは成瀬の遺体発見現場に向かう。その後、大己は、成瀬が起こした3年前の事件を調べるうち、潔美との共通点を発見する。
　そんな折、大己らは蕪木誠（泉谷しげる）から、再解剖を依頼された他大学の教授が成瀬は事故によって刺されたものと、潔美の正当防衛を支持する判断を下したと報告を受ける。これにより、佐川は教授会にかけられることに。教授室に戻りゼミ生に囲まれた佐川は、自分も大己らと同じタイミングで法医学教室を去ることになりそうだと告げる。大己らはゼミ生としての勉強期間を終え、それぞれの道を歩んでいく時期に差しかかっていたのだ。思いもよらない佐川の言葉に、大己の脳裏にはさまざまな思いがよぎる。