天才外科医・鳩村周五郎（船越英一郎）は、医師としての未来も地位も捨て、巨悪の陰謀から川上明日香（伊藤裕子）・つぐみ（美山加恋）親子を守り抜いた。しかし、その周五郎に新たな魔の手が襲いかかり、6年前に病死したと思っていた妻・奈緒美（藤田朋子）が実は何者かに殺害されたという疑惑も発覚する。妻の死の真相を暴こうと必死の周五郎だが、そのせいでつぐみの命が危険にさらされたため、病床の明日香からつぐみを引き取り一緒に暮らしていた。
奈緒美の死の真相を追って仙台から東京に戻ったある日、周五郎とつぐみは知人の見舞いに訪れた篠原東京総合病院で籠城事件に巻き込まれてしまう。周五郎とつぐみ、外科部長の如月（鶴見辰吾）は、うまく犯人の目を逃れたが、置き去りにされた患者が心配な周五郎は、危険に身をさらしながらも応急処置に回っていた。その途中、薬品庫で周五郎は見慣れない薬に気づく。
一方、小室源介（内藤剛志）は6年前に奈緒美が訪れていた仙台の七夕まつり会場近くで転落死した男と、1週間前、入院中に屋上から転落死した若い女性患者の死には、どちらも不自然な点が多く、さらには、どちらも篠原翔子（斉藤慶子）が院長を務める篠原総合病院がかかわっており、担当医が如月だということを突き止める。
それを聞いた周五郎は、奈緒美は同じ大学の同じアーチェリー部だった如月に会うために仙台へ行ったのではないかと疑う。周五郎は、奈緒美の死にこの病院が深く関係しており、如月が何らかの事件の手がかりを握っているに違いないと問い詰めるが、焦ってその場を逃げ出した如月は立てこもり犯に捕まってしまい…。