ベッドに手足を拘束された星野新太（岡田将生）は、古崎由乃（剛力彩芽）に何を隠しているのか、と問い詰めるが、由乃ははぐらかす。そんなとき、ふたりの「未来日記」にデウスからメッセージが届く。デウスは、ゲームに勝ち残っている新太、由乃、沖江春奈（福田麻由子）の3人で残り3日を戦い抜け、と命じた。このままでは新太が春奈に殺されてしまうと焦る由乃は、ナイフを手にして春奈を殺しに行こうとする。
同じ頃、森口類（本郷奏多）は、「未来日記」によって人間が消失するシステムを解明しようと図書館で調べ物をしていた。そこに春奈がいたので新太の所在を尋ねると、新太はまだ迷っているがもうすぐ答えを出すはずだ、と言って「未来日記」を指し示す。そんなところへ、高坂王子（菊池風磨）が小学生くらいの子供を連れてやってくる。塾のアルバイトで知り合った子供たちに、大学見学ツアーをしているところだと言う。
一方、由乃の家から脱出した新太は、電話で呼び出した類を待っていた。するとそこに、春奈がやってきた。春奈は、新太に起こったことすべてを知っていて、由乃の「未来日記」を壊してくれと頼む。新太は自分のポケットにある由乃の「未来日記」を意識する。そこに類が到着した。新太と春奈を戦わせたくない類は、ふたりに「未来日記」を渡してしまった自分を責める。そして新太の「未来日記」でDEAD ENDのカウントダウンが迫り…。