榎本径（大野智）は、青砥純子（戸田恵梨香）に連れられ、築百年の日本家屋にやってきた。案内したのは、家主・西野真之（吉田鋼太郎）の友人・遠藤晴彦（平田満）だ。ここで西野の中学生の長女・愛美（森迫永依）が死亡したが、顔に殴打の跡があったため、警察は他殺と断定、第一発見者の西野が容疑者として連行された。長年西野を知る遠藤は、犯人は別にいると言い、愛美の兄・猛（郭智博）かもしれない、と明かした。猛は以前、同級生をナイフで刺してケガを負わせ、逃走して現在も行方不明のまま。
現場が密室だったため、遠藤は芹沢豪（佐藤浩市）に調査を依頼したが、芹沢が休暇に入ってしまい、純子が榎本と調査に来た。
榎本は、玄関のドアの特殊な鍵に注目。泥棒とは無縁の田舎には、重装備に思えた。合鍵を持つのは西野と愛美だけだが、西野が愛美の遺体を発見した時、玄関は施錠され、愛美の合鍵は室内にあった。鍵なしで外から施錠することはできない上、犯行時刻に近所のリンゴ園で作業中だった女性も、侵入者は見ていない。
検証を行う榎本に遠藤は、愛美が帰宅時に室内にすでに誰かがいた可能性がある、と言った。電話をしながら帰宅した愛美の通話相手が、愛美が「誰？」と言った後に切れたと証言したからだ。
玄関以外の逃走経路として考えられるのは、なぜか1つだけ開け放たれた窓のみ。しかし榎本はここから逃走したのなら、あるはずの足跡がない、と指摘し…。