2003年春。小さな漁師町で漁業を営む柴門暖（ディーン・フジオカ）は、同じ町で喫茶店「シンドバッド」を経営する目黒すみれ（山本美月）にプロポーズ。思いは受け入れられ、2人は結婚式に向けて幸せの絶頂にいた。
しかし、その矢先、暖の乗る遠洋漁船「海進丸」が遭難。暖の後輩、南条幸男（大倉忠義）は心配して「シンドバッド」へ。すみれは暖の帰還を信じ、努めて明るく振舞っている。「海進丸」が所属する守尾漁業でも、社長の守尾英一朗（木下ほうか）、船員だが今回の航海にはけがで出られなかった神楽清（新井浩文）たちが憔悴しながらも暖たちの無事を願う。
そんな守尾の事務所を漁協の組合長・遠藤勝也が訪ねて来る。遠藤はもう2週間にも及ぶ遭難で捜索費がかさんでいることを守尾に告げた。守尾は船長のバラジ・イスワランが優秀なので、みんな生きて帰ると譲らない。だが、遠藤はバラジを不安に思っている。バラジはテロ組織のメンバーではないかと疑われていたからだ。それでも、守尾は船員たちを信じていた。暖の実家では、母親の恵（風吹ジュン）が地上げ屋の寺角類（渋川清彦）と対峙していた。と、そこに「海進丸」帰港の連絡が入る。迎えに来たすみれと港に急ぐ恵。船員たちが上陸する中、暖もけがはしたが生還を果たす。亡くなったのは船長のバラジだけ。
すると、バラジの遺体を調べる男たちが…。刑事の入間公平（高橋克典）の姿もあった。