学の謹慎処分が解けた。一連の爆破テロの被害車両はすべて同じ日にディスティーを発っていることが判明、ビッグワンは次の爆破を阻止するために出動する。爆弾を発見したシリウス隊が撤去作業をしている頃、武装した爆破テロ犯は銀河鉄道管理局・管制室に進入し、レイラと対峙している。銀河鉄道に深い怨恨をいだく犯人は、復讐のため原子力電池で銀河鉄道とともに自爆しようとするが…。