故郷タビトを発った学は、間違って銀河鉄道７７７号に乗ってしまった。７７７号は停車駅や終着駅が定まらない行き先不明列車。突然、列車が次元ホールに突っ込み、銀河鉄道管理局との通信が途絶える。そこはレイラの力が及ばない別の宇宙だった。超重力惑星に引っ張られ、植物人間が次々と攻撃してくる。車内で出会った幼なじみの昴は「これが運命」とあきらめているが、それに対して学は…。