九条櫻子（観月ありさ）の高校時代の恩師・佐々木敦郎（モロ師岡）が急死し、遺品が櫻子に託された。生物の教師だった佐々木の遺品には多くの標本があり、櫻子はそれらを自然の森博物館に寄贈することにし、九条邸で仕分け作業が始まった。館長の杉森重男（渡辺憲吉）の指示で、館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）、磯崎齋（上川隆也）、谷上和裕（近藤公園）が参加した。遺品には珍しい骨格や植物の標本があり、櫻子と磯崎は目を輝かす。
その頃、博物館で客を案内していた志倉愛理（新川優愛）を怪しい男が見つめていた。案内を終えた愛理がスタッフルームに戻ると、弁当の宅配スタッフ（長浜之人）が、大量の弁当を持って現れた。櫻子からの注文だと言うが、櫻子は身に覚えがない。その後も博物館に櫻子に対するクレームの電話やメールが殺到する。
一方、櫻子らを手伝っていた正太郎は小さな棺のような箱を見つける。中には人骨と「玲子」という人物が書いた和歌が添えられていた。佐々木は生涯独身で、恋人がいた気配もない。なぜ人骨と女性からのメッセージを持っていたのか、櫻子は考えを巡らせる。
やがて、到着した刑事の山路輝彦（高嶋政宏）と近藤卓也（細田善彦）が捜査を始める。そんな時、博物館の愛理から電話が入り、怪しい男を捕まえたら「櫻子を出せ」と騒いでいると言う。男は入山勇人（浦上晟周）という高校生で、博物館に駆けつけた初対面の櫻子をにらみつける。