サンライズ物産と新陽薬品は、共同開発した花粉症治療新薬の特許を出願した。だが、全く同じ製法の新薬特許が他社からすでに出願されており、認可されなかった。西行寺（堤真一）は、この一件は機密情報の漏えいだと判断し、新薬開発プロジェクトに関わっていた薬品部主任の原田（満島真之介）から事情を聴く。原田によれば、機密情報にアクセスできる人間は新薬開発プロジェクトのメンバーに限られているという。西行寺は、かおり（戸田恵梨香）、結城（森田剛）らに極秘で内部調査を行うよう指示した。
新陽薬品の進藤社長（中丸新将）は、危機対策室による内部調査に同意し、プロジェクトリーダーの望月貴子（中山忍）に調査への協力を命じる。望月の案内でプロジェクトルームを訪れた西行寺たちは、入室用ナンバーキーや、製剤機密へアクセスするためのパスワードを定期的に変更していなかったことを知る。そこでかおりは、機密データへのアクセス履歴やプロジェクトの全記録を提出してほしいと貴子に依頼した。
ほどなく、新陽薬品の役員室から盗聴器が発見される。さらに、プロジェクトメンバー全員が研修出張していた昨年の4月10日に何者かが機密にアクセスした記録もあった。プロジェクトメンバーに原田を加えた関係者11名の調査を進めていた西行寺たちは、社長の進藤と、プロジェクト総責任者・大鷹取締役（筒井真理子）の関係が上手くいっていないことを知るが…。