私立菊玲学園高等学校では、まもなく『菊玲祭』が開幕。学園には立て看板、各部活の発表会、模擬店等のポスターが飾られ、盛り上がっている。一番の目玉行事は、賛否両論あるものの男子校時代から80年続く『菊玲男前コンテスト』だ。
2年B組では、遠藤（神尾楓珠）が歴史上のイケメンについて熱く語っている。田中由希（あかせあかり）の質問に答える形で、授業の予定を変更したのだ。土方歳三の”平晴眼”を遠藤が再現していると、森戸朋也（長谷川慎）の机にぶつかってしまう。その時、ニンニクに目鼻を描いた人形のようなものが床に転がった。「……野菜、娘です」と朋也。園芸部部長の朋也による野菜を擬人化するアイディアを遠藤は絶賛するも、思わず嘲笑する生徒たち。園芸部は、普段から「ダサい」「きもい」「不細工」「エンゲロ部」などと馬鹿にされているのだ。
放課後、朋也と吉良太郎（大政凛）、長峰奏（林裕太）ら園芸部の面々は、遠藤に褒められた“野菜娘”の話題で盛り上がり、『菊玲男前コンテスト』ディフェンディングチャンピオンの御手洗伊世（石橋和磨）のダンス動画の撮影を妨げてしまう。女子生徒の前で、御手洗達からイジられ、辱めを受ける朋也たち…。傷付いた太郎と奏は、園芸部の退部を決意する。
翌日、遠藤と亀高（貫地谷しほり）の前に現れた朋也。『菊玲男前コンテスト』にエントリーしたという。「カッコよくなって、園芸部のステイタスをあげたいんです！」
そんな矢先、亀高の「『菊玲男前コンテスト』は外見の差別を助長するのでは？」という危惧が的中するような大事件が勃発する！！一方その頃、遠藤は、理科準備室をサウナ化させ、なぜか減量に取り組んでいて―――！？