史上初の完全ロボット型列車・ネオンライツに、ドクターカトウが爆弾を仕掛ける。大勢の乗客の乗る中、時速700キロを割った時に爆発するというのだ。行く手にはエネルギープラント、ジオワームがあり、このままでは大惨事が起きてしまう。乗り合わせたアトムは、人々を救うために必死で爆弾を探すが、最新式のスキャンでも爆弾は見つからなかった。爆弾の存在を知った乗客はパニック状態に陥り騒ぎ出すが、アトムの活躍で別の列車に移され危機を脱する。しかし、メトロシティに到着する前に停止しなければ、沢山の人を巻き込むことになると判断したネオンライツは、700キロ以下に速度を落とし、自分一人だけ犠牲になることを決意。しかしアトムは最後まで諦めず、ついにスキャナーの中にある爆弾を発見するのだった！！ほっとしたのも束の間、エネルギープラント、ジオワームがもう目前に迫っている。このまま行けば大爆発は必至だ・・・！！さて、どうする、アトム！？