宇宙空間をさまよっていたアトラスの残骸が悪徳業者に回収され、科学省の元副長官であったパブロス博士の手に渡っていった。パブロス博士は、ロボットを自由自在に操れるオメガチップをアトラスの頭に埋め込み、アトラスを凶暴なロボットにしてしまう。暴走するアトラス。それを止めるにはアトラスを破壊するしかなかった。
　パブロス博士の目的は、世界中のロボットにオメガチップを埋め込み、自分の意のままに動かすことだった。もちろんアトムも例外ではない。アトラスの攻撃を受けるアトム。アトラスを破壊することが出来ないアトムはついに力尽き、パブロス博士の手の中に…。このままではアトムの頭脳にオメガチップが埋め込まれてしまう！
　あくまでも抵抗するアトム。しかしパブロス博士の命令を受けたアトラスがなおもアトムに攻撃をしかける。絶体絶命のアトム。その時…！！