アトムとプルートウの戦いを止めようとしたウランは、攻撃を受けて傷ついてしまう。ウランを抱きかかえるアトムはまったくの無防備の状態だ。しかしプルートウはアトムに攻撃せずに立ち去っていった。プルートウに芽生え始めた感情が、とどめを差す事をためらわせたのだ。それでも使命を全うしなければならないプルートウはなおも戦いを続ける。天馬は戦いを避けようとするアトムを引き出すために、お茶の水博士を誘拐する。舞台はブロッケン火山。ついにアトムとプルートウの世紀の戦いが開始された。力ではまさるはずのプルートウだったが、なかなか決着がつかない。プルートウの心に生まれた感情が、その力を弱めていたのだった。プルートウを作った謎の男シャドウは、ついに心を持たないロボット、ダークプルートウを登場させる。そのダークプルートウに追いつめられ、絶体絶命の危機に陥るアトム！！さて、どうなる！？

＜みどころ＞
エプシロンの協力で遂に天馬のアジトを突き止めるタワシ警部とお茶の水博士。そこで、彼らは覆面科学者の正体であるシャドウの存在を知る。
一方、プルートウはウランと知り合い、戦う意味を自問し始めるが、戦うことが目的で作られたプルートウは、アトムとの最後の戦いに向かった・・・！！そして、天馬博士の野望が明らかになる！！さて、その野望とは！？