ウランの体にマイクロロボが浸入する。アトムはマイクロロボを退治するために、ミニミニの博士の作ったエクスプロータンクで、体の小さな分身を作りウランの内部に入っていく。しかしミニアトムは、ウランの体を傷つけられないため、なかなか攻撃ができない。そうしているうちにマイクロロボはウランの記憶に攻撃を始める。次々と壊されていくウランの記憶、このままではアトムがお兄さんである記憶も消えてしまう、それどころか、ウランの電子頭脳のみならずアトムの電子頭脳まで壊されてしまう。その時、ミニミニは抜け殻となった本体のアトムを連れ去ろうとする。実は全てミニミニによって仕組まれた事で、学者の姿をしたミニミニは人工頭脳を省いたアトムの体を盗み、兵器として生産しようとしていたのだった・・・！！

＜みどころ＞
アトムとウランはいつもケンカばかり。しかしある日ウランの体内に超小型ロボットが侵入し故障してしまった。科学者達がウランの救出策を議論している中、ミニミニ博士がロボットをミクロ化して体内に入る画期的なシステムを提案。アトムはヴァーチャルシステムでウランの体内に入り、ウランの危機を救おうとするが・・・