桜木泉（上戸彩）や瀧河信次郎（桐谷健太）らに新しい捜査指令が出る。名門小学校・教応学園の児童3人がここ2カ月の間に何者かに連れ去られるのを目撃したという通報があったが、いずれも保護者からの通報がなく、学校側も全員の無事を確認しているという事件だ。12年前、教応学園の児童が誘拐され、捜査員のミスにより児童が殺害された事件があったことから学校側が隠していることも考えられ、誘拐事件の有無の確認をとることに。
　目撃情報付近の防犯カメラ映像に児童の大塚則人（青山和也）が連れ去られる様子が映っていたことから、誘拐事件があったと確信し、捜査を始める。倉田工（杉本哲太）と高峰涼子（山口紗弥加）は学校で教頭の氏家嘉子（七瀬なつみ）に聞き込みをするが、氏家は誘拐事件の存在を否定し、名簿の貸し出しも拒否する。捜査班は学校の花壇改装工事があることに目をつけ、泉と白石晋太郎（中原丈雄）と磯村亮平（小林高鹿）がガーデナーとして学園に潜入開始。泉は会議で職員室が空になる時間を見計らい、生徒たちの住所録と2カ月分の出席簿をカメラで写して分析班に転送した。
　3人の生徒が1週間休んでいたことがわかり、その内の1人が則人だった。深沢ユウキ（丸山智己）も協力し、3人の保護者をあたるも全員かたくなに口を閉ざしていた。瀧河の捜査で則人の身代金は学校に振り込まれたこがわかり、事件に学校側も絡んでいる可能性も浮上してきた中、泉は則人に接触を試みるが…。