捜査一課の須藤友三（渡部篤郎）は、ある事件で銃弾を頭部に食らい負傷。窓際の「総務課動植物管理係」に配属となった。そこは、容疑者のペットを、保護・世話をする通称“警視庁いきもの係”で、所属は、巡査の薄圭子（橋本環奈）のみ。事務員として田丸弘子（浅野温子）と、受付に三笠弥生（石川恋）がいるほか、弥生とのおしゃべり目当てで、元刑事の二出川昭吉（でんでん）がたまにやってくる程度。捜査一課管理官の鬼頭勉（寺島進）から辞令書を渡され失望する須藤に、かつての相棒で巡査部長の石松和夫（三浦翔平）が声をかける。須藤が捜査一課に復職すると早合点し喜ぶ石松に、須藤は総務課に異動になったと告げた。
そんな須藤に、弘子が立てこもり事件の現場へ行くよう促した。そこには元同僚の日塔始（長谷川朝晴）や石松、桜井薫（清原翔）ら刑事がいて、アパートに立てこもった犯人に投降を呼び掛けていた。須藤に気づいた日塔は、あんたの現場はあっちだと指示、そこでは圭子が配水管をのぞき込んでいた。圭子は、配水管にはさまって身動きが取れない猫を救出するために来ていた。
総務課に、ある容疑者がペットを飼っていることが分かったため、その保護を頼みたいという依頼が。須藤と圭子は、容疑者が住むマンションへ。そこには巨大な鳥かごが5つ並び、それぞれに20羽近くの小鳥が入れられていた…。