新宿の中央公園でホームレスが殺害された。現場へ急行する十津川省三（高嶋政伸）と亀井定男（古谷一行）。最近横行しているホームレス襲撃か？　と現場検証している十津川のもとに電話が入る。なんと東京都民一千三百万人を誘拐、身代金五億円を要求する脅迫電話が都知事の久保武雄（大和田獏）あてに入ったというのだ。犯人は要求をのむまで、一日一人ずつ殺害していくという。都庁へ向かう二人。そこで副知事の森下清人（菅田俊）から事情を聞いていると、脅迫電話の犯人から「先程、中央公園でホームレスを殺した。一千三百万人の中の一人です」と再度連絡が入る。
都庁に捜査本部が設置された。誘拐事件では身代金の受け渡しが勝負だと考える十津川は、古新聞で身代金五億円をつくり犯人からの連絡を待った。しかし、犯人の方が一枚上手だった。作戦は簡単に見破られ、また一人殺害されてしまう。さらに犯人は十億円を要求、指示に従わなければ爆弾を使って多くの都民を殺害するという。そんな中、十津川は犯人のある行動が気になっていた…。