九十九さくら（真矢ミキ）は、弁護士の三谷桃子（名取裕子）が主宰する新たな子どもシェルター、「第2ハチドリの家」でスタッフとして働いている。子どもシェルターとは、虐待や育児放棄、親の失踪など様々な事情で家にいることができない子どもたちが一時的に避難でき、外部の誰にも知られることのない安全な場所。桃子はわずか10歳で父親を訴えた浅尾希望（清水香帆）をマスコミから守るため、ハチドリの家に避難させることに。
そんな折、阪巻利晴（東根作寿英）から教育虐待を受けている娘の阪巻梨花（永瀬莉子）がハチドリの家に救いを求めて来る。すでに入居している高野みどり（hibiki）や徳納朝子（倉島颯良）、片桐隼人（遠藤健慎）たちは梨花に興味津々。ホーム長の高瀬川多喜（山崎静代）は梨花を優しく迎え入れ、さくらが親子丼を振る舞うと、梨花から大粒の涙が……。梨花のコタン（子供担当弁護士）は、三谷法律事務所の新人弁護士・宮部雪乃（新川優愛）が担当することになった。
翌朝、阪巻が梨花を連れ返しに三谷法律事務所に乗り込んできた。「これは誘拐だ」と怒りまくる阪巻に対応する桃子と雪乃。正義感に燃える雪乃は、梨花を父親から守ろうと奮闘する。さらに、さくらと雪乃が用心深くシェルターへ帰る道中にも忍び寄る影が…。
一方、ハチドリの家では、子どもたちに社会性を身に着けさせる為、町内の清掃活動を行っていた。入居者の門倉真由子（井本彩花）は近くの高校のバスケットボール部に所属する岡林大樹（細田佳央太）と出会う。さくらもまた、地域の役員で大樹の父親である岡林康浩（鶴見辰吾）からお茶に誘われ、突然の春到来…！？
豊富な経験と、子供たちを温かく見つめる“強靭なおばさん”に待ち受ける新たな試練とは…？待望の第3シリーズいよいよ開幕！