美山悠一（AKIRA）は、穂積宗広（小澤征悦）の指示で日下部秀平（丸山智己）に監禁されていたなつみ（仲間由紀恵）が無事に救助されたところに駆けつけ、なつみをしっかりと抱きしめた。穂積はいら立ちを隠せないままグラフェンのデータが入ったUSBを天音（武田真治）に手渡した。なつみは、これまでのすべては天音がやったことで、ジミーウォンという中国の会社がグラフェンを軍事利用しようとしていると悠一に話す。自分の想像を超える次元の問題だということを知らされ、途方に暮れる悠一。
なつみが次原明日香という名前で悠一の父・小野寺教授（長谷川初範）の研究室がある大学にいたこと、そして悠一が勤める総和物産のライバル社、ミレ・パシフィックの子会社のナルミテックにも在籍し、その後、総和物産の経理部で遠藤なつみとして働き、なぜ悠一に近づいたのか？さらに、拉致されたというなつみの母のこと、なつみが天音の言いなりにならざるを得ない理由とは…、など、これまでのすべてをなつみは悠一に打ち明ける。なつみの本当の思いを知った悠一は、お母さんを救いに行こう、と決意するが…。
その頃、大洋国際特許事務所の小林恭助（高嶋政伸）は、今回の情報漏洩沙汰で経済産業省から謹慎を言い渡されるが、自らのなかにある正義を捨てられず、ジミーウォンに対抗する手を考えていた。まだ自分の大切な家族に危険が近づいているとは知らずに…。