留置場に入れられた美山悠一（AKIRA）は、面会しに来た妻・なつみ（仲間由紀恵）から離婚届を差し出される。そしてなつみは「信じてくれてありがとう」という言葉を残して去っていった。悠一の胸には怒り、哀しみ、絶望といった感情が一気にこみあげ、あまりのショックに愕然としてしまう。
また留置場で謎の男（武田真治）から声を掛けられる。父親の死について、また悠一の置かれている状況について、何かを知っている様子の男。
父親が亡くなった時のアリバイが証明され、釈放された悠一を待っていた大洋国際特許事務所の小林恭助（高嶋政伸）は1枚の写真を手渡す。そこには父親の小野寺（長谷川初範）となつみが一緒に写っていた。ますますなつみに対する疑念が膨らみ、混乱する悠一。
監禁された恐怖のストレスで入院中の宮原杏奈（野波麻帆）を見舞いに、悠一が病院を訪れると、同じ部署の後輩の早川由加利（篠原真衣）がそばについていた。「私は大丈夫」と無理に笑顔を作る杏奈に、悠一は「もう関わらない方がいい」と告げる。
一方、小林と部下の荒井和人（池内博之）、中川薫（内山理名）は総和物産と同じ方法で繊維プロジェクトの実験を始めたミレ・パシフィックについて調査していた。悠一もヘッドハンティングを受けていた穂積宗広（小澤征悦）に直接会いに行き、グラフェンデータの流失について問いただすが…。