ＳＤＦの入隊試験に合格した学は、引き止める母カンナを説き伏せ、故郷のタビトに別れを告げた。銀河鉄道全線の始発駅であり、ＳＤＦの本拠地である惑星ディスティニーへ向かうために５５０号に乗り込んだ学は、同じくＳＤＦに入隊するルイと車内で偶然出会う。突然、列車はコントロールを失い、宇宙空間の時空のひずみ「時の結び目」に吸い込まれてしまう。タイムスリップしてたどり着いたのは、９年前の砂漠の惑星ハクメイ。そこで、学は宇宙海賊と戦う9年前の兄・護と出会い…。