剛司（伊藤淳史）は、アニメやゲームが好きなオタクであることを沙織（伊東美咲）に告白した。沙織にはもう嘘をつきたくない、と決意したのだ。沙織は、そんな剛司のことを何の偏見もなく受け入れ、仲直りしてほしい、と彼に頼む。
　その夜、沙織は、剛司と一緒に秋葉原に行く約束をする。パソコンを買い換えようとしていた沙織のために、剛司がアドバイスをする約束をしていたからだった。
　剛司＝電車男からその報告を受けたインターネット掲示板の住人たち——富永（我修院達也）、浅野（山崎樹範）、橋爪（桜井千寿）、筋肉（弓田真好杜）、予備校生（小嶌天天）、岸和田（波岡一喜）たちは、絶交寸前から一転して、以前より親密になった電車男と沙織＝エルメスのやりとりを知り、勝手な妄想を膨らませる。
　明くる日、秋葉原で待ち合わせした沙織と剛司は、仲良く手をつないで電気街を歩いた。目当てのパソコンを購入した後、一緒にプリクラを撮ったり、ゲームセンターで遊んだりして、楽しい時間を過ごすふたり。ちょうどそのゲームセンターに居合わせた松永（劇団ひとり）と川本（菅原永二）は、剛司が自らオタクであることを告白したと知り、それを受け入れた沙織に対して好感を抱く。
　夕方、剛司は、沙織をとある雑居ビルの屋上に連れて行く。そこは、剛司にとって“勇気をもらえる秘密の場所”だった。剛司は、その場所で沙織に自分の思いを告白しようかどうか悩むが、結局その日は何も言えなかった。
　秋葉原デートの報告を読んだ一坂（温水洋一）や彼氏（なすび）、やすなり（矢柴俊博）ら掲示板の住人たちからは、「ここで告らなくていつコクるんだよ」「エルメスさんは完全に待っているとみた」「本当にカップルになる気があるのか」「弱気になるな」「イイ雰囲気でマメに会っているなら急いで告白する必要はないと思うぞ」などと、さまざまな意見が書き込まれる。するとそのとき、沙織から剛司の携帯電話に写真付のメールが送られてくる。その写真が沙織の寝巻き姿だったことから、剛司も住人たちも興奮を抑えられない。
　そんなある日、剛司は沙織の家を訪れる。沙織が買ったパソコンのセッティングをするためだった。そこで剛司に会った由紀（秋吉久美子）は、今度の日曜日に剛司も交えて家族みんなで食事をしよう、と言い出す。何も考えずにそれを承諾してしまい、家に戻ってから急に不安に襲われた剛司は、掲示板の住人たちに相談を持ちかけるが…。