『大学卒業おめでとう。父さんも、お前から卒業します』

卒業式の日、帰宅した飛田匡（鈴鹿央士）に残されていた飛田迅平（板尾創路）からの手紙。突然、父が失踪した。
迅平は推理小説作家で、かつては賞候補にもなった売れっ子だったが、最近は見る陰もなかった。貯金を食いつぶし破天荒で自由奔放な父に対し、一流企業や公務員に狙いをしぼって就職活動していた匡だが、採用する企業はなかった。そんな最中で迅平は失踪し、匡には父の莫大な借金だけが残されていた。

事件性ゼロの失踪に警察ではまるで取り合ってもらえず、父の著書から出てきた名刺を頼りに、ジョーカー探偵社に足を運んだ匡。失踪調査にかかる費用は莫大でとても払えないが、探偵学校の募集を目にすると、学費は調査費用より遥かに安い。探偵学校を卒業すれば、探偵社に就職でき、迅平も探せる！と匡はジョーカー探偵学校への入学を決意する。

果たして匡は一人前の探偵になれるのか？神出鬼没の父・迅平を捉まえることは出来るのか？そもそも迅平の失踪の理由は何か？
徐々に明らかになっていく過去の因縁が、匡の前に立ちはだかる！
探偵学校の生徒たちは、無事に卒業できるのか？