伊達一義警部（堺雅人）は、法から逃れた者を殺害していた日向光明巡査部長（忍成修吾）に撃たれ、負傷する。すると、そこに日向の異母兄弟・吉住武徳巡査部長（飯田基祐）が現れ、伊達が落とした銃を拾い、それが麻酔銃であり、これまで伊達が制裁を加えた人間が殺されていないことを知ってしまう。
　目を覚ました、鑑識課の久遠健志（錦戸亮）は倒れている日向を見つけ、伊達の所在を尋ねる。しかし、日向は、自分も久遠と同じ男に襲われて倒れていたので知らないとウソをつく。久遠は、伊達のものと思われる血痕を見つけ、それをたどって歩いていく。
　捜査一課では、伊達不在のなか、前夜に起きた木本志保（佐野珠美）というスナック経営者殺害事件についての会議が始まった。宮城あすか（杏）は、志保と店の常連客・宮前史人（桜山優）が口論をしていたという証言を報告。すると、宮前にアリバイがあるにもかかわらず、日向は宮前の犯行だろうと、断定する。課長の井筒将明（鹿賀丈史）は、そんな日向に「悪人に制裁を」というメッセージを残し、法から逃れた者を殺害する“神隠し”の捜査の進展を聞く。日向は、“神隠し”に遭った者は殺人犯だから、正義の鉄槌が下ったのでは、と平然と答える。
　その頃、とある廃墟に運び込まれた伊達は、制裁を加えた人間の居場所を明かすよう、吉住から暴行を受けていた。