お茶の水博士の口から、アトムの出生の秘密がすべて語られる。それは、生みの親が本当は天馬博士で、天馬博士の息子トビオの変わりに作られ、捨てられたという事実だった。深く傷つき、悩むアトム。その頃アトムに敗れたアトラスは、天馬博士の手によってさらにパワーアップして再生された。アトラスは徳川財閥の宇宙港を破壊すると月へ向かっていく。アトラスの暴走を止めるため、月に向かうアトム。そしてまた徳川も自分が作らせてしまったアトラスという化け物を自分の手で葬るため、月へ向かう。月で対決する徳川とアトラス、そしてアトム。その戦いのさなかに施設が破壊され、みな宇宙に押し出されようとしたその時、アトラスの脳裏にある記憶がよみがえり、事態は一変する・・・！！

★アトム旧主題歌が‘復活’登場！！
5/11（＃6「アトラス誕生」）・18放送（＃7「アトムvsアトラス」）はアトムの記憶がよみがえり、出生の秘密が明らかになっていくという、前半のヤマ場となるべきストーリー。
“過去”を思い出すシーンのＢＧＭとして、あの名曲が流れます！！
乞うご期待！！