公安外事第二課のエリート刑事だった井沢範人（沢村一樹）は、ある事件がきっかけで総務部資料課分室への異動を命じられる。

資料課分室のメンバーは、痴漢容疑者への必要以上の暴行で異動させられた小田切唯（本田翼）、入庁以来ずっと資料課にいる人づき合いが苦手な南彦太郎（柄本時生）、さまざまな部署をたらい回しにされてきた田村薫（平田満）という、警察内のトラブルメーカーばかり。だが、実はこの資料課分室には、刑事企画課特別捜査官・東堂定春（伊藤淳史）が中心となって秘密裏に進められてきたある重要プロジェクトが託されていた。それは、日本国民のあらゆる個人情報――通信記録や金融機関の出入金記録、監視カメラの映像といったビッグデータを解析し、過去15年分の犯罪記録と照らし合わせることによって、AIがこれから起こる重大犯罪、主に殺人を犯す可能性が高い危険人物を割り出す未然犯罪捜査システム、通称『ミハン』システムの実用化プロジェクトだった。

一方、特殊捜査班のメンバーだった山内徹（横山裕）は、バディを組んでいた桜木泉（上戸彩）の失踪事件がきっかけでチームが解散になった後も独自に彼女の行方を追い続けていた。だが、やがて捜査は行き詰まり、その無力感と警察組織への不信感から上司を殴ってしまい、資料課分室への異動を命じられる。

ミハンシステムが割り出すのは殺人を犯す危険性のある人物。しかし、いつ、どこで、誰を、なぜ殺すのかはわからない。山内は、冤罪を生み出す可能性もあるミハンシステムに対して疑念を抱いていた。「公にはできない捜査で、あなたたちの身に何かが起きても警察は助けてくれない。切り捨てられて終わりだ」。山内は、そう井沢に告げる。

そんな中、ミハンシステムがテストケースNo.5の危険人物を割り出し……。