東京サミットを狙ったテロは未然に防がれた。だがその最中、テロに関与していると思われた香坂（水野美紀）が射殺される。銃声を聞いて駆けつけたSATは、拳銃を持って香坂の遺体の前に佇む井沢（沢村一樹）を拘束しようした。井沢は、SATや駆けつけた山内（横山裕）を倒し、立ち去ろうとする。そんな井沢に銃を向け、撃つ山内。
取り調べを受けた曽根崎（浜田学）は、テロへの関与を完全に否定した。一方、警視庁の上層部はすべての責任を死亡した香坂に押し付け、ミハンも解体の危機に―。ミハンルームにガサ入れが入り、取り調べを受ける面々。
そんな矢先、小田切（本田翼）の交際相手・篠田（高杉真宙）が何者かに撃たれるという事件が起きる。小田切は、篠田が自分を撮影した写真を見て、同じ人物が映り込んでいることに気づく。それは今回のテロに関わっていたクラッカーの諏訪樹生（松尾諭）だった。篠田は、ミハンに関わったから事件に巻き込まれたのか！？責任を感じる小田切。

香坂の死を無駄にしないため、真犯人を捕まえるため、立ち上がるミハンチーム。
そんな中、香坂が殺されたことで、加賀美（柄本明）がようやく重たい口を開き始める。
26年前に起きた映画館の毒ガス事件で救った1人の少年の話を。
それぞれに想いを抱えながら、真犯人を突き止めるためミハンチームが動き始める。その先には何が待っているのか？ついにクライマックスへ。