新東京水上警察

東京水上警察署の刑事・碇拓真（佐藤隆太）は、三上慎吾（松本怜生）を拉致して海上に逃げた黒木謙一（柿澤勇人）を追おうとする。だが、署長の玉虫肇（椎名桔平）は、大型台風が首都圏に上陸する寸前であったため航海を許可しない。そんな中、母親の危篤の知らせを受けた日下部峻（加藤シゲアキ）だけでなく、黒木と行動をともにしている大沢俊夫（小林隆）のことを心配する有馬礼子（山下美月）も、玉虫に捜索の続行を訴える。彼らの決意の固さを知った玉虫は、出航の条件として「生きて帰ること」を誓わせる。

一方、『海雪』の移転工事にまつわる談合に加担していた港湾局の仲井幸人（島谷宏之）を追っていた細野由起子（山口紗弥加）らは、仲井が遺書を残して姿を消したことを知る。報告を受けた碇は、湾岸署と協力して仲井の行方を追うよう指示する。

ほどなく碇たちは、黒木が乗り込んでいる貨物船『竜水丸』の停泊場所を突き止める。無線で『竜水丸』に呼びかけた礼子は、応答した相手が大沢だと気づく。礼子は、沖で停船しているすべての船舶に対して緊急検査を行っている旨を伝えると……。