薬剤師として働きながら、忍びとして暗躍する甲賀忍者の草刈蛍（菜々緒）は、与党民自党の国会議員・赤巻章介の違法薬物使用疑惑の証拠を掴むよう命じられた。赤巻邸に侵入した蛍は赤巻と対峙（たいじ）したが――。

一方、普段は郵便局員として働く伊賀忍者で、蛍の夫でもある草刈悟郎（鈴木伸之）は、赤巻邸を警護中に不審な人物を発見。手裏剣で攻撃したが、あっさりかわされて逃げられてしまう。その後、音無祐樹（勝地涼）とともに、毒殺された赤巻の遺体を発見する。

すれ違いばかりの夫婦生活に業を煮やした蛍は、悟郎に離婚届を突きつけて家を出て、父・月乃竜兵（古田新太）のアパートに身を寄せていた。そこで蛍は、妹の雀（山本舞香）に赤巻邸での出来事を打ち明ける。

同じころ、伊賀グループの本部長・松下昇（小須田康人）は、悟郎から、赤巻が毒殺されたこと、そして現場から逃走した不審者はその身のこなしから甲賀者ではないかとの報告を受ける。松下は、逃げた甲賀者を必ず警察よりも先にとらえるよう、悟郎たちに命じ…。