医師として10年以上のキャリアを持った彼らは、仕事もプライベートも自分の人生と向き合い始める年代に達し、それぞれの道を歩み出していた。
藍沢耕作（山下智久）は翔陽大学附属北部病院の救命救急センターを離れ、脳外科医として研鑽を積み、さらなる高みを目指し日々オペを行っている。白石恵（新垣結衣）は人手不足の翔北救命救急センターで今やフライトドクターのスタッフリーダーとして奮闘していた。かつてはともにフライトドクターを目指していた緋山美帆子（戸田恵梨香）は、翔北病院を離れ周産期医療センターで産婦人科医としての道を歩んでいた。冴島はるか（比嘉愛未）は、今もフライトナースとしての道を究め続けエースとして活躍中。また藤川一男（浅利陽介）も白石と共に翔北救命救急センターを支える整形外科専門の救命医となっていた。彼らの成長を語る上で橘啓輔（椎名桔平）の名を挙げないわけにはいかない。橘は救命医として活躍を続けているが、現在、息子についてある厳しい局面に立たされていた。橘が葛藤する理由とは。
そんな救命センターに新たにフライトドクターを目指すフェロー・名取颯馬（有岡大貴）、灰谷俊平（成田凌）、横峯あかり（新木優子）、フライトナースを目指す雪村双葉（馬場ふみか）がやってくる。フェローたちは使いものにならないと救命センターの誰もが嘆く中、白石は人材不足の中、彼らを戦力にするしかないと必死に育てようと努力する。
すでに脳外科医として信頼を得ている藍沢には強力なライバル、新海広紀（安藤政信）が現れる。脳外科では世界屈指の水準を誇るトロント大へ臨床医師として選ばれるかどうかの席を争っていた。
それぞれの道を歩む、かつてのフェローたち、新たなフェローたち、そして彼らの仲間たちによって『コード・ブルー』サードシーズンがついに始まる。