20世紀初頭のニューヨーク。父親と暮らすイーディスは死者の魂と通じあう力があり、亡くなった母親から不思議な警告を受け取る――「クリムゾン・ピークに気をつけなさい」。彼女は父親が不可解な死をとげた後、準男爵の称号を持つトーマスと結婚し、「クリムゾン・ピーク（深紅の山頂）」と名付けられたイギリスの丘陵地帯にある彼の豪奢な屋敷で暮らすことになる。しかしそこはトーマスのミステリアスな姉ルシールの住居でもあった。やがて悪夢のような幻影や深紅の亡霊たちが姿を現す――だが本当の怪物は血と肉で出来ているものだった…。