デジタルワールドに逃げ込んだドリモゲモンを追って単身デジタルワールドへダイブしてしまったトーマ。そのトーマの発する信号が突如として途絶えてしまう。大もトーマの後を追ってデジタルワールドへダイブする。初めて訪れるデジタルワールドに興味津々の大とアグモン。しかし、ドリモゲモンの巣穴の中でドリモゲモンが引き起こした落盤に巻き込まれさらに地中不覚に落ち込んでしまう。そこで大は、同じように地中に転落させられて足をくじいてしまい動けなくなっていたトーマを発見する。動けないトーマとともに、大はドリモゲモンに戦いを挑むのだった。