始末書書きに追われ、誕生日を自分のデスクで過ごしてしまった桜木泉（上戸彩）。そんな中、１年前に起きた「東京理工大学講師殺人事件」の再捜査決定の知らせが入った。
2009年、東京理工大学の講師・浅井政文（斎藤歩）が殺害された。助教であった三枝英之（二階堂智）と大学院生が、浅井の遺体の傍にいる血だらけの広田拓真（若葉竜也）を発見。慌てて逃げた広田は階段から足を踏み外して転落死してしまう。前夜に広田が勤めていたバーで浅井と揉めていたことから、犯人は広田だとされ、被疑者死亡で書類送検された。ところが、今になって大学から離れた河川敷で浅井の血痕がついた凶器が発見された。真犯人か共犯者がいた可能性が考えられ、4係が再捜査に乗り出すことに。
浅井が所属していた研究室を訪ねた泉と深沢ユウキ（丸山智己）は、三枝から浅井が人の秘密を調べるような悪趣味があったことを聞く。そこに教授の園田道雄（浅野和之）と助教の樋口瑶子（ともさかりえ）が通りかかった。樋口に話を聞くことになった泉は、樋口の優しさを感じさせる人柄に好意を抱く。
研究室に盗聴器が仕掛けられていた可能性があり、泉は大森紗英（北川弘美）たちと再び研究室に向かう。案の定、浅井の指紋が残った盗聴器と会話が録音された大量のメモリーチップが発見された。調べた結果、三枝が出入り業者に便宜を図りキックバックをもらっていたことを知った浅井が三枝を脅していたことが判明。警察に呼ばれた三枝は、犯行をきっぱりと否定。理由はわからないが樋口も浅井に強請られていたことを話した。メモリーチップには学部長を脅していた証拠も残っていたほか、浅井の電話の声で広田が研究室に来たのは浅井に謝るためだったことがわかった。そんな中、Nシステムで事件当日の凶器を遺棄したとみられるポイントを樋口の車が通っていたこがわかった。すぐに研究室に向かうが、樋口は辞表を出していて、住んでいたいマンションも解約、携帯もつながらない状態になってた。Nシステムで車を追いかけ、樋口がとある墓地に向かっていたことがわかり、現場に向かう泉と深沢。
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