証拠品管理センターにいた桜木泉（上戸彩）に、1995年4月に起きた富士見医大の研修医だった日向葵（原田佳奈）が殺害された事件の資料を持ってくるようにと伝言が入る。当時発見されなかった凶器のナイフが発見されたため、4係に再捜査依頼がきたのだ。15年前に発生したこの事件は、時効まであと1週間になっていた。

科捜研での検査の結果、ナイフには犯人の血が、包まれていた英字新聞には花粉が付着していたことがわかった。富士見医大に向かった倉田工（杉本哲太）と塚本圭吾（宮迫博之）は、葵の上司で現在は外科部長になっている医師・桐山義之（大高洋夫）を訪ね、病院内の捜査を申し出るが拒否される。泉と白石晋太郎（中原丈雄）は、当時は容疑者として疑われたものの証拠不十分で釈放された恋人で第一発見者である野宮冬樹（ムロツヨシ）が営む花屋を訪ねた。思い出すことはないかという白石の質問に微かに動揺する冬樹だが、妻であり富士見医大で看護師長をしている千秋（高久ちぐさ）が出てきて話は中断する。深沢ユウキ（丸山智己）と高峰涼子（山口紗弥加）は、事件発生直前に葵と冬樹が口論していたことを証言した、医師の東海林光輝（中村靖日）を訪ねた。東海林は、当時は言えなかったが強気な葵を恨んでる人間はたくさんいたはずだと証言。

後日、４係に呼び出された千秋は、葵がホームレスの患者・ゲンさんがいなくなったと当時の看護師長だった立花志保（阿南敦子）と言い合いしていたことを証言。志保を呼び出し、富士見医大で医療過誤の隠蔽があったのではないかと問うが、すでに病院を辞めている志保は隠す理由がないとそれを一蹴する。その夜、4係全員で葵が殺害される前１ヶ月分のカルテをチェックするが、改ざんの痕跡は見つからない。さらに科捜研からは、冬樹のＤＮＡが犯人と不一致であると連絡も入り、焦りを隠せない一同。

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時効が翌日に迫った夜、冬樹が４係を訪ねてきた。冬樹は葵を助けられなかった後悔で今も苦しんでいて、何か解決のヒントになればと当時の葵との出来事を書き出したノートをを差し出した。冬樹を送って入口まで来た泉は、冬樹を迎えに来た千秋と対面。やっと手に入れた幸せを壊さないで欲しいと訴える千秋に泉は返す言葉がない。

泉は冬樹のノートや遺留品、当時の証言をもとに葵の行動をたどる。すると葵が立ち寄ったと思われる公園にホームレスたちの姿をみつけた。20年前から公園に住んでいる村長と呼ばれる男と会った泉は、葵がケガをしたゲンさんを富士見医大に運び志保に引き渡したことを聞く。一方、高峰たちも志保の夫は難病にかかっていて、桐山が執刀予定であることを突き止める。

時効まであと15時間。泉と白石は桐山を訪ねるが、相手にされない。さらに桐山は３時から10時間のオペに入ることがわかる。手術に入れば時効は過ぎてしまうが、その手術を待っている子供を見てしまい複雑な心境になる泉。桐山が犯人である証拠集めに奔走する４係の面々。やがて桐山がカルテを改ざんした証拠が出た。それでも桐山をかばおうとする志保だが、桐山が夫の手術をやらないまま渡米するつもりだと聞き、証言を始める。桐山はただの打撲だったゲンさんを手術の実験台として利用し死亡させた。それが葵にバレて葵を殺害。とっさに葵が握ったカフスボタンを、志保は手に入れ、ずっと隠し持っていたのだ。そのカフスボタンに桐山の皮膚片が付着していて、ＤＮＡ検査の結果、犯人のものと一致。しかし、すでに桐山の手術は始まってしまっていた…。

手術が終わり、出てきた桐山を待ちうけていた泉たち。時効は成立したはずという桐山に、時効前に起訴状を提出したことで時効が止まったことを告げる。それでもなお自分を逮捕すればこれから救えるはずの何人もの命が失われると訴える桐山に、どんなにたくさんの命を救えても２人の命を奪った罪は消えないと手錠をかけた。

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