水探しの途中ではぐれてしまったクレインとネッサ。ミーガンというドッペルに助けられたクレインは完全都市「ザナドゥ」へとやってくる。ザナドゥはフラクタルシステムがまだ完全に機能している街。そこでクレインは何者かから妨害を受け高熱にうなされるネッサを発見する。エンリ達はゲイルという人物に出会いクレイン達を探してもらうが……。