三度のメシよりケンカがすきな少年大門大。ある日ケンカに明け暮れた大の前に恐竜のような姿をした奇妙な生物「アグモン」が現れる。大の前に恐竜のような姿をした奇妙な生物「アグモン」が現れる。大とアグモンは大げんかになる。激闘の末、大に敗れたアグモンは大に心酔し舎弟となる。アグモンは「デジモン」と呼ばれる存在で、デジモン事件の捜査機関「DATS」から逃げ出してきたという。大とアグモンの前にDATSからの追っ手が現れるのが、大は「子分の面倒を見るのは親分の役目」とアグモンをかくまってやった。
しかし、目を離した隙にアグモンが姿を消してしまう。同時に町でデジモンが暴れ始めたという知らせがDATSに入る。暴れているデジモンの正体はアグモンなのか……？