都内の高層マンションの庭園に、空から物体が落ちてくるという怪事件が起きた。その中には何者かの左足と小型機の一部も含まれていた。「全決」の興玉雅おきたまみやび（藤原竜也）は、これは「タイムホール」…過去や未来と繋がる異次元媒介装置によるものかもしれないと話す。そして、今回もヒルコから犯行声明が出され、興玉と雨野小夢あまのこゆめ（広瀬アリス）は事件の究明に乗り出す。

DNA鑑定の結果、発見された左足は研究者・真鍋哲まなべてつ（神保悟志）のものだった。真鍋は重力理論の世界的権威で、タイムホール研究の第一人者だった。しかし、４年前、小型機での移動中に機体ごと失踪していた…。警視庁の荒波健吾あらなみけんご（ユースケ・サンタマリア）らは落とした可能性のあるマンション高層階の住戸をくまなく調べたが、事件に繋がるものは何も見つからなかった。

興玉は、ある騒動について話をする。４年前、真鍋と主任研究員・常見真紀つねみまき（山口紗弥加）は、タイムホールに繋がる時空制御に成功したと発表。だが一ヶ月後、常見がデータを捏造していたことが発覚し、真鍋は常見を解雇。タイムホールの研究も打ち切った。常見はそのまま姿を消し、真鍋の小型機が失踪したのはその１カ月後だった…。興玉と小夢は、真鍋らがいた研究室へ赴く。現在の室長・片桐凛太朗かたぎりりんたろう（森下能幸）らに話を聞いていると、そこに常見から電話がかかってきて…。