警視庁捜査一課の菊田和男（亀梨和也）は、第十係、姫川玲子（二階堂ふみ）が率いる通称“姫川班”への勤務を任命された。折しも、捜査一課は亀有北署に『水元公園内殺人・死体遺棄事件特別捜査本部』を立てていた。捜査本部に向かった菊田は着任の挨拶をしようとするのだが、肝心の玲子の姿がないまま、捜査会議が始まってしまう。

管理官の橋爪俊介（岡田浩暉）とともに現れた係長、今泉俊介（山口馬木也）が事件の経緯を説明。水元公園の溜池付近で死体が発見される。被害者は金原太一という営業マンで、死因は出血性ショック死。凶器は薄型の刃物で、被害者の体には無数の傷がつけられていた。しかし、多くの傷は死因とは無関係で、致命傷は喉元の頚動脈を切断されたことと推定されている。さらに、死後、みぞおちから股関節までを切開されていた。捜査官の質疑が始まる頃、ようやく玲子が姿を現す。

玲子は到着するなり、話があると会議を遮った。呆れる橋爪をよそに今泉が促すと玲子は自分の見解を話し始める。玲子は被害者が死後に腹を割かれたのは、池に沈めるためだと指摘。今回、沈めることが出来なかったのは、犯人側にトラブルが発生したためだと言う。そして、この事件のひと月前に同公園の溜池にしか存在しない寄生アメーバに感染して死亡した男がいると告げた。そして、玲子はその池には腹部を割かれた別の犠牲者がいると言い切る。溜池を再捜索すると新たな死体が発見されて…。