多澤物産の営業部長・吉井雄太（反町隆史）は公私ともに順風満帆だったが、贈賄の容疑で突然逮捕されてしまう。釈放されたが仕事には復帰できず、自宅待機を強いられる雄太。
映画監督の藤巻肇（大森南朋）は、こだわりの強さと偏屈さで徐々に仕事が減り、遂に自らが持ち込んだ連続ドラマの監督を外されてしまう。
そんな人生の岐路に立った二人のもとに、ある日、「キンポー」と名乗る人物からメッセージが届く。そこには『建設現場から人骨。丹辺市』というニュースのリンクが付いていた。
メッセージの送り主・菊原紀介（津田健次郎）は、小さな理容室を営みながら認知症を患う母親の介護に追われていた。

1988年の丹辺市。２学期の初日、野球部を退部になった中学二年生の「ユン」こと雄太（大角英夫）は、映画研究部を作りたい「チェン」こと肇（青木奏）と「キンポー」こと紀介（内田煌音）から入部しないかと誘われる。しかしユンは二人を「おたく」と見下し、チェンと喧嘩になる。そこへ臨時教師の宮下未散（木竜麻生）が通りかかり、二人を仲裁する。「マチルダみたいだ」と見惚れるチェンとキンポー…。

時は現代へー。雄太の元には裁判所から起訴状が届く。一方の肇もその日暮らしの仕事に追われる。どん詰まりの二人は紀介の理容室を訪れる。再会するなり、あの頃の空気が蘇る三人。かつて住んでいた丹辺市を訪れた雄太たちは、昔話に花を咲かせるうちに妙な記憶を思い出す。紀介が自宅で見つけたという紙には「行方不明」の文字とマチルダの写真が。37年ぶりに再会した三人は、マチルダ失踪事件の謎を追い求めることにー！