薬局で薬剤師をしている草刈蛍（菜々緒）と、郵便局員の悟郎（鈴木伸之）は結婚して2年半になる夫婦。だが、ラブラブだったのは新婚当初だけで、生活習慣や価値観の違いからささいなことで言い争うようになり、すでに離婚の危機に直面していた。

実は蛍と悟郎は、お互いに決して誰にも言えない“裏の顔”があった。蛍は甲賀忍者、悟郎は伊賀忍者という、日本の歴史の裏側で敵対を続けてきたとされるライバル忍者の末裔（まつえい）同士なのだ。

甲賀一族の蛍は、競馬の人気ジョッキーである姉・月乃楓（ともさかりえ）、薬学部に通う大学生で、ライブ配信動画で稼ぐインフルエンサーでもある妹の雀（山本舞香）がいた。父親の竜兵（古田新太）は、妻の死後、忍者としての仕事を蛍に任せ、アパートでひとり暮らしをしながら飲んだくれていた。

一方、伊賀一族の悟郎には、幼なじみで郵便局の同僚でもある名門家系出身の音無祐樹（勝地涼）、外資系保険会社で働くもうひとりの幼なじみの風富小夜（吉谷彩子）、跡取りではなかったために忍者の修業はしていない祐樹の妻・恵美（筧美和子）らの仲間がいる。

彼らを率いるのは、小夜の祖父で、伊賀一族の最高権力者・風富城水（市村正親）だ。そんな折、蛍は、与党民事党の国会議員・赤巻章介のスキャンダルを掴めとの指令を受ける。一方、周辺の怪しい動きを察知した赤巻サイドは、秘密裏に伊賀一族に身辺警護を依頼し……。