藍沢耕作(山下智久)、白石恵(新垣結衣)、緋山美帆子(戸田恵梨香)、藤川一男(浅利陽介)のフェロー終了認定の日が近づいていた。そんなある日、田所良昭(児玉清)のオペも始まろうとしている。フェローたちはもちろん、冴島はるか(比嘉愛未)やシニアドクターたちも心配する中、白石の父、博文(中原丈雄)らも田所を見舞う。田所の手術を知った、黒田脩二(柳葉敏郎)も病院を訪ねて来た。田所の手術は、脳外科の西条章(杉本哲太)だけでなく、心臓外科の協力も必要となる困難なもの。そんな大手術が開始されようとした時、ドクターヘリ要請が入る。どうやら、飛行機が墜落したようだ。
現場の詳細がわからぬうちに飛び出したヘリには、三井環奈(りょう)、藤川、冴島が搭乗。梶寿志(寺島進)が飛行機の上げる黒煙を頼りにヘリを着陸させた現場は、未曾有の惨状を呈していた。一方、病院では橘啓輔(椎名桔平)がタッチアンドゴーで藍沢たち残っている医師やフライトナースたちを現場に送ることにする。その時、墜落した飛行機の便名を聞いた白石の顔色が曇る。なんと、その飛行機には博文が乗っていたのだ。それを知った橘は、現場に出すのは無理だと判断するのだが、白石は自ら志願する。
墜落現場では、まだ飛行機に医師たちが飛行機に近づくことは出来ないが、隣接する体育館に次々と被害患者が運び込まれていた。藍沢、白石は、先行した緋山たちに合流し、患者のトリアージを始める。そんな中、藤川はかつての列車事故の際、ともに患者を助けた救急隊員、細井(永岡佑)と再会。細井は藤川同様、列車事故当時よりたくましくなり、キビキビと働いていた。緋山は、重度の熱傷を負った男性患者を診る。寄り添う患者の妻に、治療を迫られるのだが自ら治療を決断できない。その姿を見ていた橘が行き、患者を応急処置。そして、橘は過去を引きずらずに、今出来ることをしろと緋山に迫る。その後、熱傷患者を看取った緋山は、新たに男の子の治療を頼まれるのだが…。
白石は博文の行方に心を乱し、冷静な判断を欠いていた。そんな白石を藍沢がフォロー。藍沢は博文の特徴を書いた紙を警察官か消防に渡して患者に専念するよう促す。別の場所で被害者を診ていた藤川の傍らに新たな患者が運ばれてくる。なんと、それは再会したばかりの細川。その首には金属が突き刺さっていた。
ようやく飛行機への接近が許され、藍沢たちが急ぐ。その途中、救急や消防隊員に指示を出す男の姿が…。博文だ。自ら怪我を負いながらも現場で患者のトリアージを行っていたのだ。なぜ、体育館に行かなかったのかと責める白石に、博文は医者だからだと平然と答えた。2人を見ながらも飛行機に向う藍沢を、血だらけの男が呼び止めた。男は、飛行機の中に息子を置いてきてしまったと、パニック状態になっていた。
病院では、田所の手術が危険な状態に陥っていた。心臓外科の力を借り、限られた時間、田所の心蔵を停止、低体温状態で脳手術に挑む西条。だが、その時間内に西条の処置が終わりそうにない。手術を見ていた黒田も極度に緊張して…。