コンピュータプログラマーとしてニューヨークの企業で働くネオ（キアヌ・リーブス）。凄腕ハッカーという別の顔を持つ彼は、最近“起きてもまだ夢を見ているような感覚”に悩まされていた。そんなある日、自宅のコンピュータ画面に、不思議なメッセージが届く…「起きろ、ネオ」「マトリックスが見ている」「白うさぎの後をついていけ」。正体不明の美女トリニティー（キャリー＝アン・モス）に導かれて、ネオはモーフィアス（ローレンス・フィッシュバーン）という男と出会う。そこで見せられた世界の真実とは。やがて、人類の命運をかけた壮絶な戦いが始まる。