トム・クルーズ演じるネイサン・オールグレン大尉は、かつて南北戦争で国と名誉のために命を賭けた英雄であった。しかし、今や戦争も終わり、移り変わる時代に取り残されていた。そんな彼が政府に雇われ、サムライと戦うために日本にやって来た。渡辺謙演じる勝元は、サムライ一族の長であり、深く尊敬されている男だ。明治維新後の日本、押し寄せる近代化の波の中、勝元はサムライの時代の終わりを察知していた。しかし勝元は戦わずして去るつもりはなかった。そして二人の戦士が出会い、運命がひとつに重なった時、歴史の扉が開いた・・・。